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Principais linhas de pesquisa dos professores do Instituto de Recursos Naturais:

• Acústica ambiental;
• Ecotoloxicologia aquática;  
• Energias Renováveis;
• Energia Mudanças climáticas e impactos ambientais;
• Geoprocessamento;
• Hidráulica experimental;
• Laboratório Virtual em hidráulica;
• Licenciamento ambiental;
• Produção de água em bacias;
• Manejo do solo Qualidade ambiental;
• Meio ambiente e saúde humana;
• Microbiologia do solo Saneamento e tratamento de efluentes
• Modelagem de ambientes aquáticos e estuarinos;                                                                                               
• Modelagem e simulação de recursos hídricos;
• Planejamento e gestão de bacias hidrográficas;
• Processos oxidativos em tratamentos de efluentes;
• Recuperação de áreas degradadas.

O instituto possui sete grupos de pesquisas, sendo eles:

GECA - Grupo de Estudo em Ciência Ambiental
Coordenador: Prof. Dr. Alexandre Augusto Barbosa

GEN - Grupo de Estudos em Energia
www.gen.unifei.edu.br
Coordenador: Prof. Dr. Augusto Nelson Carvalho Viana

GES - Grupos de Estudo em Saneamento
Coordenadora: Profa. Dra. Herlane Costa Calheiros.

NEPA - Núcleo de Estudo, Planejamento Ambiental e Geomática.
www.nepa.unifei.edu.br
Coordenador: Prof. Dr. Francisco Antonio Dupas

NUMMARH - Núcleo de Modelagem e Simulação em Meio Ambiente e Recursos e Sistemas Hídricos.
www.nummarh.unifei.edu.br
Coordenador: Prof. Dr. Fernando das Graças Braga da Silva

SOMA -  Solos e Meio Ambiente
Coordenador: Prof. Dr. Rogério Melloni

GEER - Grupo em Estudo em Energias Renováveis
Coordenador: Prof. Dr. Geraldo Lúcio Tiago Filho